يُعتبر بحر البلطيق من البحار شبه المغلقة والمتميزة بطبيعته الخاصة، إذ يُعد أكبر بحر داخلي في العالم، كما أنه يتمتع بعزلة نسبية عن البحار والمحيطات الأخرى.
ومن أبرز خصائصه انخفاض مستوى الملوحة في مياهه مقارنة بمعظم البحار العالمية.
وتتراجع نسبة الملوحة تدريجياً كلما ابتعدنا عن مدخله الواقع في الجنوب الغربي واتجهنا نحو المناطق الداخلية، نتيجة تدفق كميات كبيرة من المياه العذبة من الأنهار المحيطة، مقابل محدودية اختلاطه بمياه المحيط المالحة. ولهذا السبب تتراوح نسبة الملوحة فيه بين 0.3 و0.9% فقط، وهي نسبة منخفضة تجعل مياهه أقرب إلى العذبة في العديد من مناطقه.
وقد ساهمت هذه الطبيعة الفريدة في تكوين نظام بيئي مختلف داخل بحر البلطيق، حيث تعيش كائنات بحرية قادرة على التأقلم مع البيئة قليلة الملوحة التي تميّزه عن غيره من البحار.