ويحتوي الدير على الكنيسة الأثرية التاريخية التي شيدتها الملكة هيلانة والدة الإمبراطور قسطنطين في عام 328 ميلادية، والتي تتميز بتصميم معماري فريد يعكس عراقة الفن القبطي القديم.
وقد جاء التخطيط المعماري للكنيسة على الطراز البازيليكي الشهير، حيث تتكون الكنيسة من صحن وثلاثة أجنحة فسيحة، بالإضافة إلى خورس يتقدم الهيكل وعلى جانبيه حجرتان،
كما يتوسط صحن الكنيسة حوض اللقان التاريخي. وتبرز في الناحية الجنوبية الشرقية من الكنيسة المغارة أو الكهف الأصلي الذي مكثت به العائلة المقدسة أثناء رحلتها المباركة، وهو ما يمثل قيمة أثرية وروحية كبرى تجذب الزائرين والسائحين من مختلف أنحاء العالم لاستكشاف هذا التراث الإنساني الفريد.
وتسهم هذه الجهود الترويجية والزيارات الرسمية في تسليط الضوء على المقومات السياحية والأثرية الكبرى التي تزخر بها محافظة المنيا، وتعزيز مكانتها على خريطة السياحة العالمية والمحلية كوجهة استثنائية تجمع بين التاريخ العريق والروحانية الأصيلة.